Méthodologie des données COVID-19

Cette page rassemble les informations méthodologiques nécessaires à la compréhension des données de COVID-19 publiées quotidiennement sur le site web de l’INSPQ.

  • CH : Centre hospitalier
  • CHSLD : Centre d'hébergement de soins de longue durée
  • CMM : Communauté métropolitaine de Montréal
  • COVID-19 : Le terme COVID-19 (pour Coronavirus Disease 2019) désigne l’infection causée par le virus SRAS-CoV-2 (Comité sur les infections nosocomiales du Québec – CINQ, 2020).
  • DSP ou DSPubliques: Directions de santé publique
  • MRC : Municipalité régionale de comté
  • RI : Ressource intermédiaire
  • RLS : Réseau local de service
  • RPA : Résidence privée pour aînés
  • RSS : Région sociosanitaire  
  • SRAS-CoV-2 : Cette appellation désigne le 2e coronavirus issu du Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), le premier ayant eu lieu en 2002-2004.

Le nombre de cas actifs correspond au nombre de cas confirmés qui ne sont pas encore rétablis ou décédés. Les cas actifs contribuent à la propagation de la maladie dans la population.

Depuis le 4 septembre, les cas actifs sont identifiés de façon individuelle. Pour chaque cas, on détermine la période pendant laquelle il a été actif depuis sa date de déclaration jusqu’à sa date de décès ou de rétablissement. Un algorithme additionnel attribue une date de rétablissement aux cas dont le statut d’évolution est manquant (voir section ci-dessous Personnes rétablies pour plus de détails). Les cas actifs identifiés de façon individuelle sont ensuite additionnés pour établir le nombre total de cas actifs par jour. Ces données sont révisées quotidiennement et de façon rétroactive.

Une définition de cas de COVID-19 est disponible pour le Québec à l’adresse suivante : https://msss.gouv.qc.ca/professionnels/documents/coronavirus-2019-ncov/definition-nosologique-COVID-19-020-04-08.pdf

Les cas confirmés incluent les cas confirmés en laboratoire et les cas confirmés par lien épidémiologique. Un cas confirmé par lien épidémiologique correspond à une personne ayant développé des symptômes compatibles alors qu’elle a eu une exposition à risque élevé avec un cas confirmé en laboratoire. À noter que les cas cliniques sont exclus des données publiées sur le site web de l’INSPQ.

À propos des graphiques :

  • Le nombre de cas confirmés par jour (selon la date de déclaration) est toujours sous-estimé pour les journées les plus récentes en raison d’un délai entre le moment de la déclaration du cas et la saisie de l’information dans le système d’information.
  • Le nombre de cas confirmés par jour (selon la date de déclaration) est révisé quotidiennement et de façon rétroactive.
  • Les bâtonnets foncés dans les graphiques présentant des données cumulatives correspondent aux dates de doublement du nombre cumulatif de cas par date de déclaration depuis le moment où le Québec a atteint 500 cas, soit le 21 mars 2020.
  • Les graphiques de répartition des cas confirmés par âge et sexe n’incluent pas les cas d’âge ou de sexe inconnu. Les totaux pourraient différer des données officielles qui incluent ces données manquantes.

Des données régionales et locales sur les cas confirmés, les décès et les hospitalisations liés à la COVID-19 sont disponibles sur les pages « Par région » et « Vue d'ensemble des régions ».

Régions sociosanitaires (RSS)

Les données (cas, décès, hospitalisations) des régions du Nunavik et des Terres-Cries-de-la-Baie-James ne sont pas présentées à la page « Par région » ainsi que les données sur les hospitalisations de la région Nord-du-Québec.

Le total des cas confirmés d’une région sociosanitaire ne correspond pas toujours à la somme des cas dans les RLS à cause de valeurs inconnues, d’erreurs de saisie ou de transferts entre les régions.

Réseaux locaux de services (RLS)

Un masquage est appliqué aux données des RLS qui comptent entre 1 à 4 cas.

Le total des cas confirmés d’une région sociosanitaire ne correspond pas toujours à la somme des cas dans les RLS à cause de valeurs inconnues, d’erreurs de saisie ou de transferts entre les régions. On ne peut donc pas déduire les nombres masqués.

À partir du 29 avril 2020, la répartition des cas par RLS utilise l’assignation du découpage territorial (M34-2020) priorisant le code de municipalité plutôt que le code postal. Le code municipal permet une meilleure assignation diminuant ainsi le nombre de cas ayant un RLS inconnu.

Provinces canadiennes (graphiques 5.1. et 5.2)

  • Les données pour l’ensemble du Canada incluent celles des dix provinces, des Territoires du Nord-Ouest, du Yukon et du Nunavut et quelques cas de voyageurs rapatriés.
  • Les taux sont calculés sur les nombres cumulatifs et présentés pour 100 000 personnes.

Cas confirmés

  • Les comparaisons provinciales doivent être interprétées avec prudence puisque la stratégie de dépistage des cas peut différer entre les provinces.

Personnes testées

  • Pour les provinces et territoires qui ne rapportent que le nombre de tests, le site canada.ca applique une formule pour estimer le nombre de personnes testées.

Pays (graphiques 5.3 et 5.4)

  • Certains pays fournissent des données provisoires qui peuvent être ajustées dans le temps. À l’instar du Québec, les pays effectuent différents types de révisions et des ajustements de temps en temps.
  • La source de données (Our World in Data) est mise à jour fréquemment; les données peuvent différer entre cette source et la page Données COVID-19 au Québec.

Cas confirmés

  • Les comparaisons internationales doivent être interprétées avec prudence puisque la stratégie de dépistage des cas peut différer entre les pays.
  • Les taux sont calculés sur les nombres cumulatifs et présentés pour 100 000 personnes.
  • Les données pour l'ensemble du Canada sont ajustées pour inclure les nouveaux cas du Québec.

Décès

  • Les comparaisons internationales doivent être interprétées avec prudence puisque la méthode d’enregistrement des décès peut différer entre les pays.
  • Les taux sont calculés sur les nombres cumulatifs et présentés pour 1 000 000  personnes.
  • Les données pour l'ensemble du Canada sont ajustées pour inclure les nouveaux décès du Québec.

La page Données COVID-19 au Québec présente les données selon deux types de date : la date réelle de l’évènement (date de déclaration, de décès, d’analyse du prélèvement ou d’admission à l’hôpital) et la date dite « rapportée » pour les tuiles qui se trouvent en haut de page.

Dates réelles de l’évènement

Toutes les données utilisant la « date réelle de l’évènement », qu’il s’agisse de la date de déclaration des cas, de la date de décès, de la date d’analyse du prélèvement ou de la date d’admission pour les hospitalisations, sont des données révisées quotidiennement et de façon rétroactive.

Puisqu’il existe un délai entre l’évènement et l’enregistrement de celui-ci dans le système d’information, les données d’évolution présentées par dates réelles d’évènements sont toujours sous-estimées dans les journées les plus récentes, en particulier pour les cas, les décès et les hospitalisations. En raison du délai dans la saisie de l’information et d’évènements ayant une date manquante dans le système, le nombre cumulatif d’évènements selon la date réelle est toujours inférieur au nombre cumulatif selon la date rapportée (« bilan officiel » annoncé par le gouvernement dans les tuiles « Cas confirmés » « Décès » et « Rétablis » de la page principale Données COVID-19 au Québec).

Tous les ajustements aux données, comme par exemple le retrait de doublons, les modifications de milieux de vie ou les corrections de l’âge d’une personne décédée, sont faits de façon rétroactive sur les données par dates réelles d’évènements. Ainsi, les ajustements apportés dans le système d’information, comme un rattrapage dans la saisie de données de décès, auront peu d’impact sur la courbe épidémique puisque les cas affectés s’étalent généralement sur une certaine période de temps.

Pour toutes ces raisons, les données utilisant la date réelle de l’événement présentent un meilleur portrait de la réalité que celles utilisant la date rapportée.

Date de déclaration

La date de déclaration d’un cas correspond à

  1. la date de réception de la déclaration par la Direction régionale de santé publique ou, si absente,
  2. la date de l’enquête épidémiologique ou, si absente,
  3. la date de saisie dans le système d’information.

Date de décès

Date inscrite au certificat de décès, qui correspond au moment où le décès a été constaté par un médecin.

Date d’amission

Date d’admission à l’hôpital.

Date d’analyse du prélèvement

Date à laquelle le prélèvement a été analysé. Elle correspond parfois à la date à laquelle le prélèvement a été fait, parfois au lendemain.

Date de résultat du test

Date à laquelle le résultat du test est enregistré dans le système d’information.

Date rapportée

Les données par date rapportée sont les données nouvellement enregistrées dans le système qui sont diffusées chaque jour dans les bilans du gouvernement. Ces données sont cumulatives et ne tiennent pas compte de la date réelle à laquelle a eu lieu l’évènement.

Les données utilisant la date rapportée ne sont présentées que dans les tuiles des cas confirmés, des décès et des personnes rétablies dans le haut de la page principale Données COVID-19 au Québec. Les données par date rapportée sont plus affectées par les ajustements ou corrections que les données présentées par date réelle d’évènement. Par exemple, un retrait de doublons dans le système affectera les données par date rapportée le jour suivant la date de correction.

Une définition des décès de COVID-19 est disponible pour le Québec à l’adresse suivante : https://msss.gouv.qc.ca/professionnels/documents/coronavirus-2019-ncov/definition-nosologique-COVID-19-020-04-08.pdf

Pour qu'un décès soit comptabilisé dans le bilan officiel, la COVID-19 (confirmée par laboratoire ou par lien épidémiologique) doit avoir contribué au décès. Elle peut avoir été la cause principale ou secondaire du décès. Les patients atteints de la COVID-19 qui meurent de façon violente (accident, suicide, homicide) ne sont pas comptabilisés dans le bilan officiel de décès.

À propos des graphiques :

  • Décès par date rapportée : Le nombre de nouveaux décès illustré dans la tuile de la page principale par « (+ xx) » correspond au nombre de décès rapportés par les directions de santé publique. Il ne s’agit pas nécessairement du nombre de décès survenus dans les 24 heures précédentes.
  • Date de décès : Le nombre de décès par date de décès est une donnée révisée quotidiennement et rétroactivement. Le nombre de décès peut être moins élevé pour les journées les plus récentes puisque l’analyse de la cause de certains décès et la déclaration à la santé publique peuvent prendre plusieurs jours.

Les données sur le volume de tests et sur les personnes testées ne sont pas issues de la même source de données.

Personnes testées

Il a été démontré que les résultats de tests d'amplification des acides nucléiques (TAAN) peuvent rester positifs jusqu’à trois mois suivant le diagnostic sans que le virus soit infectieux ou transmissible. Par conséquent, depuis le 22 juillet 2020, l’analyse des données en provenance des laboratoires exclut les résultats des tests supplémentaires émis pendant la durée théorique d’un même épisode d’infection confirmé de COVID-19, soit dans les 90 jours suivant le premier résultat positif émis.

À propos des graphiques :

  • Le cumul de personnes testées est inférieur au cumul de tests de dépistage. Une personne peut être testée plusieurs fois, en particulier les travailleurs de la santé.
  • Les cas confirmés par lien épidémiologique sont exclus du nombre de personnes testées.

Tests de dépistage

À propos du graphique :

  • Le nombre de tests de dépistage est supérieur au nombre de personnes testées. Une personne peut être testée plusieurs fois, en particulier les travailleurs de la santé.
  • Les données présentent les tests selon la date d’analyse du prélèvement, qui peut être différente de la date de prélèvement et de la date de résultat de test.
  • Les prélèvements analysés sont disponibles avec un délai de 48 heures.

Hospitalisations en cours

  • Les hospitalisations en cours correspondent au nombre de personnes actuellement à l’hôpital avec un diagnostic de COVID-19.
  • Les données sur les hospitalisations en cours incluent les hospitalisations régulières et celles en soins intensifs.
  • À partir du 19 mai, les centres hospitaliers dédiés à la santé mentale ou offrant principalement des soins de gériatrie, réadaptation et convalescence ont été retirés du décompte des hospitalisations (sauf le centre de services pour les aînés de Saint-Lambert). À partir du 19 juin, deux sites non traditionnels sont retirés: la Place Bell et l’Hôtel-Dieu (CHUM).

Hospitalisations incidentes

  • Les hospitalisations incidentes correspondent au nombre de personnes nouvellement admises à l’hôpital.
  • Les données sur les hospitalisations incidentes incluent les hospitalisations régulières et celles en soins intensifs.
  • Un patient hospitalisé qui est d’abord admis hors soins intensifs, puis déplacé en soins intensifs, ne sera comptabilité qu’une fois et sa date d’amission restera la même. La donnée sera ajustée rétroactivement.
  • Le nombre d’hospitalisations incidentes peut être moins élevé pour les journées les plus récentes en raison d’un retard dans la saisie de l’information.
  • Le nombre d’hospitalisations incidentes par date d’admission est une donnée révisée quotidiennement et rétroactivement.

La moyenne mobile sur 7 jours correspond au nombre moyen d’évènements (cas ou décès) du jour sélectionné, des 3 jours précédents et des 3 jours suivants. Elle permet de supprimer les fluctuations observées à tous les jours et met l'accent sur la tendance à plus long terme.

Lorsque des taux sont comparés, il arrive souvent que la structure d’âge des populations à partir desquelles ils sont calculés influence le résultat des taux. Par exemple, le taux de mortalité sera nécessairement plus élevé dans une population âgée qu’une population jeune. Pour que les taux soient comparés sur un pied d’égalité, il est habituel d’utiliser des taux standardisés, aussi appelés ajustés ou normalisés. Cette méthode consiste à ajuster mathématiquement deux populations pour leur donner la même structure par âge qu’une troisième population, appelée population de référence. Cet ajustement permet d'obtenir des taux comparables.

Les critères qui permettent de considérer qu’une personne est « rétablie » sont déterminés par des comités d’experts en fonction des connaissances scientifiques. Une personne est considérée rétablie lorsqu’elle satisfait les critères de levée d’isolement tels que décrits dans le guide Mesures pour la gestion des cas et des contacts dans la communauté. Ces critères sont révisés au besoin, selon l’état des connaissances sur la durée de la contagiosité de la COVID. Par exemple. à partir du 28 août 2020, la levée d'isolement est passée de 14 à 10 jours pour les cas à domicile et de 21 à 28 jours pour les cas immunosupprimés.

Le statut de rétablissement d'une personne est avant tout déterminé par les équipes cliniques ou les directions de santé publique qui ont la responsabilité de mettre à jour l'évolution du cas dans le système d’information.

Toutefois, puisque le statut d’évolution du cas n’est pas toujours mis à jour, un algorithme est appliqué pour estimer le nombre de personnes rétablies. Les personnes considérées rétablies ne contribueraient présumément plus à la transmission de la maladie au sein de la population. Cette opération est appliquée aux données quotidiennement.et tient compte des ajustements apportés par les directions de santé publique aux statuts des cas dans le système d'information.

Règles de l’algorithme pour l’estimation du nombre de cas rétablis

Rappel : Avant d’appliquer l’algorithme, l’information du statut « Rétabli » de la variable « Évolution » du système d’information est d’abord utilisée.

Exclusion du calcul des rétablis

  • Statut « Décédé ».
  • Hospitalisation en cours.

Pour tous les autres cas (incluant les travailleurs de la santé), dont le statut est manquant ou « En cours », les règles suivantes sont appliquées :

1. Cas non hospitalisés

  • Application d’une période de 10 jours après la date de prélèvement.
  • Exceptions : Application d’une période de 28 jours après la date de prélèvement pour les personnes âgées de 80 ans et plus, les résidents en CHSLD ou les personnes ayant un facteur de risque « immunosupprimé ».

2. Cas hospitalisés hors soins intensifs ayant une date de sortie de l’hôpital

La date la plus récente des dates suivantes est utilisée :

  • Date de sortie de l’hôpital.

OU

  • 10 jours après la date de prélèvement.
  • 28 jours après la date de prélèvement pour les personnes âgées de 80 ans et plus, les résidents en CHSLD ou les personnes ayant un facteur de risque « immunosupprimé ».

3. Cas hospitalisés aux soins intensifs ayant une date de sortie de l’hôpital

La date la plus récente des dates suivantes est utilisée :

  • Date de sortie de l’hôpital.

OU

  • 21 jours après la date de prélèvement.
  • 28 jours après la date de prélèvement pour les personnes âgées de 80 ans et plus, les résidents en CHSLD ou les personnes ayant un facteur de risque « immunosupprimé ».

4. Cas hospitalisés (régulier ou aux soins intensifs) en cours sans date de sortie

  • Rétablissement 90 jours après la date de prélèvement si le cas est toujours hospitalisé ou si la date de sortie d’hôpital est manquante.

Notes :

  • Lorsque la date de prélèvement est absente, la date de déclaration est utilisée.
  • Les anciens critères de levée d’isolement (14 jours pour les cas à domicile et 21 jours pour les cas immunosupprimés) ont été maintenus pour les cas dont la date de prélèvement est antérieure au 28 août 2020.
  • Lorsqu’un cas est « Rétabli » dans le système de données mais que la date de rétablissement est manquante, l’algorithme est alors utilisé pour estimer cette date.

Les données sur la COVID-19 sont issues de différentes sources et l’heure de mise à jour diffère selon la source.

Indicateur Source Heure d’extraction Donnée la plus récente diffusée

Cas confirmés

  • Par lien épidémiologique
  • En laboratoire

Cas actifs
Cas rétablis

  • Trajectoire de santé publique (MSSS)

16 h

La veille

Décès

  • Trajectoire de santé publique (MSSS)

16 h

La veille

Hospitalisations en cours

  • MED-ÉCHO, données préliminaires déclarées par les centres hospitaliers

16 h

La veille

Hospitalisations incidentes (nouvelles)

  • MED-ÉCHO, données préliminaires déclarées par les centres hospitaliers

20 h 36

L’avant-veille

Personnes testées
(positives et négatives)

  • Données des laboratoires (Infocentre de santé publique du Québec)

12 h

La veille

Tests de dépistage

  • Fichier de volumétrie (Direction de la biovigilance et de la biologie médicale, MSSS) 

00 h 01

L’avant-veille

Comparaisons provinciales

19 h

La veille

Comparaisons internationales

 

Avant 11 h le jour même

La veille

Date de mise à jour : 

19 octobre 2020