Variants de SRAS-CoV-2 sous surveillance rehaussée

Mise à jour du  , 11 h.


Cette page diffuse de l'information sur les cas de COVID-19 causés par des variants de SRAS-CoV-2 sous surveillance rehaussée (VSSR). Les cas de variants sont inclus dans les nombres cumulatifs de cas de COVID-19 présentés sur les autres pages web. Les précisions méthodologiques sont détaillées plus bas et révisées régulièrement.

VSSR : Variant(s) sous surveillance rehaussée. 

Lundi 3 mai 2021 : La proportion de cas de lignée B.1.1.7 parmi les cas positifs au criblage a été ajoutée au tableau 1.1. Le taux de reproduction et les projections spécifiques aux variants (graphiques 2.1 et 2.2) ont quant à eux été mis à jour pour la dernière fois. 

 
positivité aux VSSR (7j)
 
cas confirmés (séquençage)

Les graphiques de cette page sont interactifs; en cliquant sur une série de la légende, il est possible de la faire apparaître ou disparaître du graphique et l'échelle s'ajustera automatiquement. Dans les graphiques évolutifs, il est possible de faire glisser les poignées pour élargir ou rétrécir le spectre visible de la courbe et de le déplacer ensuite de gauche à droite à l’aide de la souris.

1 - Variants détectés par criblage

Le pourcentage de positivité aux VSSR est rapporté sur le nombre total de cas criblés. La proportion de lignée B.1.1.7 est rapportée sur le nombre de cas criblés positifs. Pour en apprendre plus sur les cas de variants détectés par criblage, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous.

1.1 - Pourcentage de positivité aux VSSR et proportion de cas de lignée B.1.1.7 au Québec par RSS

Région sociosanitaire (RSS) % Positivité aux VSSR (7 jours) % lignée B.1.1.7 (7 jours)
2 - Taux de reproduction et projections

Les données estimées et projetées sont basées sur les cas de variants détectés par criblage. Pour en apprendre plus, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous. Ces deux graphiques ont été mis à jour pour la dernière fois le lundi 3 mai 2021.

2.1 - Estimation du taux de reproduction (Rt) des cas de variants de SRAS-CoV-2 au Québec selon la date de prélèvement

 

VSSR : Variants sous surveillance rehaussée
I.C. : Intervalle de confiance.


2.2 - Projections de la proportion de variants parmi les cas de SRAS-CoV-2 selon la date de prélèvement

Ce graphique présente les données empiriques et les projections de la proportion des cas de SRAS-CoV-2 avec criblage positif pour les VSSR.

 

Consulter les présentations complètes sur le taux de reproduction et les projections des variants :

3 - Variants confirmés par séquençage

Le séquençage génomique est pratiqué sur certains échantillons positifs au SRAS-CoV-2 et permet de déterminer la lignée exacte du variant. Pour en apprendre plus, consultez les précisions méthodologiques ci-dessous

3.1 - Nombre cumulatif de cas de VSSR au Québec confirmés par séquençage selon la lignée du variant et la RSS

Région sociosanitaire (RSS)
B.1.1.7
Émergence
Royaume-Uni
B.1.351
Émergence
Afrique du Sud
P.1
Émergence
Brésil
B.1.525
Émergence
Nigéria
Total

 


Précisions méthodologiques

  • La tuile positivité aux VSSR (7j) représente l’ampleur des variants détectés par criblage parmi les cas de COVID-19 de la dernière semaine. Plus précisément, il s’agit de la proportion des 7 derniers jours (excluant les données de la veille) de prélèvenements de SRAS-CoV-2 confirmés en laboratoire qui ont été détectés au criblage comme étant un variant.
  • La tuile cas confirmés (séquençage) présente le nombre de cas de VSSR confirmés par séquençage génomique. Ces données sont cumulatives.
  • Les données des cas de variants sont présentées selon la région sociosanitaire de résidence.

Au Québec et ailleurs dans le monde, quatre variants sont sous surveillance rehaussée car, selon la littérature scientifique, ils sont associés à un risque accru de contagiosité, de virulence ou encore d’échappement aux vaccins ou aux traitements contre la COVID-19. Ces variants sont ceux des lignées :

  • B.1.1.7 ayant émergée au Royaume-Uni;
  • B.1.351 ayant émergée en Afrique du Sud;
  • P.1 ayant émergée au Brésil;
  • B.1.525 ayant émergée au Nigeria.

Les résultats de tests de criblage permettent de détecter les mutations communes de VSSR alors que les résultats de séquençage génomique permettent d’identifier la lignée du variant.

Suite à l’apparition de variants préoccupants un peu partout dans le monde, une stratégie visant à analyser tous les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 par test de criblage a été implantée en février 2021 au Québec. Cette stratégie a permis de suivre en temps opportun la propagation des VSSR dans la province.

Les prélèvements positifs au criblage sont ceux qui contiennent les mutations recherchées, c'est-à-dire celles communes aux VSSR.

Avec le début de la 3e vague et puisque les VSSR sont présents dans la majorité des nouveaux cas de SRAS-CoV-2, la stratégie de criblage a été revue au mois d’avril 2021 au Québec. Ainsi, le criblage n’est plus pratiqué de façon systématique par les laboratoires pour tous les échantillons positifs au SRAS-CoV-2. Les cas totaux de variants détectés par criblage ne représentent donc plus la réalité observée dans plusieurs régions sociosanitaires et ont été retirés de la tuile, du tableau 1.1 (ainsi que le taux pour 100 000 habitants).

L’indicateur le plus pertinent à présenter pour le criblage est désormais le pourcentage de positivité aux VSSR (moyenne 7 jours). Cet indicateur représente la proportion de cas criblés positifs parmi l’ensemble des cas criblés dans les 7 derniers jours. Les résultats invalides au criblage sont exclus du dénominateur.

Le tableau 1.1 présente également la proportion de cas de lignée B.1.1.7 parmi les cas positifs au criblage dans les 7 derniers jours.

L'estimation du taux de reproduction et les projections des variants utilisent les données de criblage positif.

2.1 Taux de reproduction des variants (Rt)

  • Les Rt présentés dans le graphique 2.1 sont calculés selon la méthodologie du Rt.
  • Le Rt  des VSSR est estimé en utilisant la proportion de tous les cas criblés positifs.
  • Le modèle logistique a été utilisé pour les dates précédant le début du criblage systématique, soit le 15 février 2021.

2.2 Projections de la proportion de VSSR

  • Un modèle de croissance logistique calibré aux données de criblage total a été utilisé pour générer les projections.
  • Le modèle suppose que tous les cas criblés positifs sont des VSSR.
  • Les résultats « invalides », c’est-à-dire les échantillons pour lesquels la présence ou l’absence de mutations ne peut être vérifiée, sont exclus du numérateur et du dénominateur de la proportion.
  • Les résultats « indéterminés », c’est-à-dire les échantillons pour lesquels les résultats sont inattendus, sont inclus au dénominateur de la proportion. Ces échantillons ont été envoyés au séquençage et dans la majorité des cas, il s’agissait de variants qui ne sont pas sous surveillance rehaussée. 
  • La RSS de l’Abitibi-Témiscamingue est exclue puisque les variants y sont déjà dominants.

Le séquençage génomique est réalisé par le LSPQ et les centres de génomique de McGill et Génome Québec sur une partie des prélèvements positifs au SRAS-CoV-2. Il permet d’identifier la lignée du variant dans un délai de 7 à 14 jours. Plusieurs critères sont utilisés pour sélectionner les échantillons à séquencer :

  • Un échantillon issu d’un groupe ciblé (ex. voyageurs revenant d'une destination hors Canada, éclosions, suspicion de réinfection, infection post-vaccination, maladie sévère);
  • Un résultat indéterminé au criblage;
  • Séquençage aléatoire (environ 15 % de tous les prélèvements positifs).

De plus, certains échantillons positifs au criblage ne s’avèrent pas des VSSR selon les résultats de séquençage génomique. Comme ils ne rencontrent pas les critères d’une surveillance rehaussée, ils ne sont pas présentés sur cette page.

  • Criblage : Fichiers des laboratoires exécutant les criblages.
  • Séquençage : Laboratoire de santé publique du Québec.
  • Groupe de modélisation de la COVID-19 - Université McGill :
    • Mathieu Maheu-Giroux, D. Sc.
      Arnaud Godin, M. Sc​.
      Yiqing Xia, M. Sc​.
  • Collaborateurs : Marc Brisson, Ph. D; Gaston De Serres, M.D.